解题思路：生命系统的结构层次包括：细胞→组织→器官→系统→个体→种群和群落→生态系统→生物圈．
A、生命系统的结构层次不包括原子、分子，A错误；
B、病毒不是生命系统的任何层次，也不进行呼吸作用，B错误；
C、细胞与细胞之间进行信息交流过程不是在细胞内进行，C错误；
D、细胞是生命系统的最基本层次，任何生命系统的层次都必须有细胞的参与，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 细胞的发现、细胞学说的建立、内容和发展．
考点点评： 本题考查生命系统结构层次，要求考生识记生命系统的结构层次，明确细胞是生命系统中最基本的结构层次，再运用所学的知识准确判断各选项．