解题思路：A、根据H3中氢元素的化合价判断．
B、根据分子是保持物质化学性质的最小粒子判断．
C、根据H3分子的结构判断．
D、根据物质的结构判断．
A、物质的物理性质与分子结构无关，所以A错误；
B、H2和H3都是由分子构成的，化学性质分别由两种不同的分子保持，分子不同，化学性质不相同，所以B错误；
C、每个H3分子是由3个氢原子构成的，所以C错误；
D、物质的种类是由物质的组成和结构决定的，H2和H3的分子结构不同，是不同的物质，所以D正确；
故选D．
点评：
本题考点： 同素异形体和同素异形现象．
考点点评： 物质的结构是化学考查热点之一，明确物质的结构和性质间的关系，是解题的基本要求．