限制性内切酶主要分成三大类.第一类限制性内切酶能识别专一的核苷酸顺序,并在识别点附近的一些核苷酸上切割DNA分子中的双链,但是切割的核苷酸顺序没有专一性,是随机的.这类限制性内切酶在DNA重组技术或基因工程中没有多大用处,无法用于分析DNA结构或克隆基因.这类酶如EcoB、EcoK等.
第二类限制性内切酶能识别专一的核苷酸顺序,并在该顺序内的固定位置上切割双链.由于这类限制性内切酶的识别和切割的核苷酸都是专一的.所以总能得到同样核苷酸顺序的DNA片段,并能构建来自不同基因组的DNA片段,形成杂合DNA分子.因此,这种限制性内切酶是DNA重组技术中最常用的工具酶之一.这种酶识别的专一核苷酸顺序最常见的是4个或6个核苷酸,少数也有识别5个核苷酸以及7个、9个、10个和11个核苷酸的.第二类限制性内切酶的识别顺序是一个回文对称顺序,即有一个中心对称轴,从这个轴朝二个方向“读”都完全相同.这种酶的切割可以有两种方式.一是交错切割,结果形成两条单链末端,这种末端的核苷酸顺序是互补的,可形成氢键,所以称为粘性末端.另一种是在同一位置上切割双链,产生平头末端.
第三类限制性内切酶也有专一的识别顺序,但不是对称的回文顺序.它在识别顺序旁边几个核苷酸对的固定位置上切割双链.但这几个核苷酸对则是任意的.因此,这种限制性内切酶切割后产生的一定长度DNA片段,具有各种单链末端.这对于克隆基因或克隆DNA片段没有多大用处.