解题思路：1、基因重组的概念：生物体进行有性生殖的过程中控制不同性状的基因的重新组合．2、类型：基因重组有自由组合和交叉互换两类．前者发生在减数第一次分裂的后期（非同源染色体的自由组合），后者发生在减数第一次分裂的四分体（同源染色体的非姐妹染色单体的交叉互换）．另外，外源基因的导入也会引起基因重组．
A、基因重组能产生多种新的基因型，A正确；
B、在减数第一次分裂的后期，非同源染色体上的非等位基因之间可以重组，B正确；
C、基因重组一般发生在有性生殖过程中，C正确；
D、基因突变是生物变异的根本来源，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因重组及其意义．
考点点评： 本题考查基因重组的相关知识，意在考查学生的识记和理解能力，难度不大．