解题思路：现代进化理论的基本内容是：①进化是以种群为基本单位，进化的实质是种群的基因频率的改变．②突变和基因重组产生进化的原材料．③自然选择决定生物进化的方向．④隔离导致物种形成．
A、抗生素使用剂量不断加大，抗药性基因频率逐渐增加，A正确；
B、抗生素对病菌进行的是自然选择，B错误；
C、变异的方向是不定向的，C错误；
D、病菌的变异本身就存在，是抗生素的使用让有抗药性德病菌存活下来，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成；基因频率的变化．
考点点评： 本题考查变异和进化相关知识，意在考察考生对知识点的理解掌握程度．