看你是在哪个范围分析.
如果是种内的,几个亚种的就用容易变异的序列,比如非编码区;
如果是同科同属之类的,就是变异程度低点的,如rDNA ITS区;
更大范围用高选择压的更保守的序列.
我的毕业设计中用的就是18S rDNA.