解题思路：现代生物进化理论认为：种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质是种群基因频率的改变．突变和基因重组，自然选择及隔离是物种形成过程的三个基本环节，通过它们的综合作用，种群产生分化，最终导致新物种形成．在这个过程中，突变和基因重组产生生物进化的原材料，自然选择使种群的基因频率定向改变并决定生物进化的方向，隔离是新物种形成的必要条件．
A、①表示自然选择学说，A错误；
B、②为突变和基因重组，B错误；
C、③基因频率的改变，C错误；
D、生物多样性包括基因、物种、生态系统的多样性，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容；物种的概念与形成．
考点点评： 关键是掌握现代生物进化理论的内容．