大分子物质进入细胞一般有两种方式：
吞噬细胞通过细胞膜的受体识别附着于病原体表面的抗体FC端,通过胞吞形式入胞.但是细胞并没有机制来判断该病原体它能不能杀灭（是否对自身有害）.这就是细菌和病毒胞内感染的机制.
还有一种是胞饮,见于摄入液体物质.
你所说的能破坏细胞内部的酶（完整的蛋白）一般无法被正常细胞摄入.除非被抗体包裹,但是这时也没有功能了.小分子物质（无论有害与否）,如果是脂溶性的,则可以自由扩散通过细胞膜,而水溶性的一般通过共享其他分子的通道或者受体进入细胞.
细胞会让不识别或者外来有害蛋白质进入细胞吗