不对称PCR原理的核心在于,它使用的一对引物的量（浓度）是不等的.我们知道PCR时需要与目的序列（双链DNA）两条链各自的 5' 端相互补的一对引物,这样DNA聚合酶才能进行合成.而不对称PCR的一对引物,浓度比一般为50~100 :1.我们将浓度少的那条引物称为限制性引物,因为在它被耗尽之前,PCR反应将扩增出双链的目的序列,而一旦限制性引物提前用完（这是必然的）,那么只剩下一种引物,只能和双链DNA的一条链配对,从而扩增出的也是一条链——这也是不对称PCR的意义所在：扩增出单链的目的DNA序列（ssDNA）.也就是说,你用的非限制性引物应该与你的目的单链DNA的 5' 端互补配对.
所以,限制的意义在于,先用低浓度的引物（限制性引物）扩增出一定量双链DNA作为模板,以达到用高浓度引物（非限制性引物）扩增目的单链DNA的效果.