有氧呼吸分为三个阶段：
一 、在细胞质的基质中,一个分子的葡萄糖分解成丙酮酸,同时脱下[H]酶；在葡萄糖分解的过程中释放出少量的能量,其中一部分能量用于合成少量ATP.反应式：C6H12O6酶→2丙酮酸+4[H]+少量能量
二 、丙酮酸进入线粒体的基质中,两分子丙酮酸和6个水分子中的氢全部脱下,共脱下20个[H],丙酮被氧化分解成二氧化碳；在此过程释放少量的能量,其中一部分用于合成ATP.反应式：2丙酮酸+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量
三 、在线粒体的内膜上,前两阶段脱下的共24个[H]与从外界吸收或叶绿体光合作用产生的6个O2结合成水；在此过程中释放大量的能量,其中一部分能量用于合成ATP,产生大量的能量.这一阶段需要氧的参与.反应式：24[H]+6O2酶→12H2O+大量能量
由此可见,水中的氢转化入[H]中,但最后[H]又生成了水;氧转化入二氧化碳中.