游离型核糖体合成的是胞内蛋白,即合成后在此细胞内部发挥作用的蛋白质.如染色体上的蛋白质、细胞膜上的蛋白质、线粒体和叶绿体及细胞质基质中的酶.
附着在内质网上的核糖体合成的是分泌蛋白,即合成后要分泌到细胞外的蛋白质.如一些消化酶、激素等.
真核细胞中,核糖体进行蛋白质合成时,既可以游离在细胞质中,称为游离核糖体(free ribosome).也可以附着在内质网的表面,称为膜旁核糖体或附着核糖体.参与构成RER,称为固着核糖体或膜旁核糖体,是以大亚基圆锥形部与膜接着游离核糖体(free ribosome)..分布在线粒体中的核糖体,比一般核糖体小,约为55S(35S和25S大、小亚基),称为胞器或线粒体核体.