解题思路：“超级细菌”含有超强耐药性基因NDM-1，能编码金属β-内酰胺酶，这种酶可能使许多抗菌药物失活；同时，滥用抗生素，使细菌产生了耐药性．
A、突变是不定向的，故A错误；
B、抗生素的滥用相当于对细菌进行了自然选择，导致了超强耐药性基因NDM-1在该细菌中逐代积累，B正确；
C、超强耐药性基因NDM-1编码金属β-内酰胺酶，由此推测金属β-内酰胺酶使许多抗菌药物失活，C正确；
D、细菌是原核生物，没有染色体，故D错．
故选：BC
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成；基因频率的变化．
考点点评： 本题结合具体事例考查突变的特点和自然选择的相关知识，启示我们不要滥用抗生素．