线粒体内膜上主要是一些呼吸相关的蛋白,比如细胞色素c等,因为内膜是电子传递链发生的场所,上面还有一些atp泵,通过电子传递链产生的电势差合成atp.
线粒体外膜上有一些转运相关蛋白,受体等.
线粒体上的蛋白有这么几种来源：1是线粒体内合成的2是在细胞质内合成的.细胞质内合成的蛋白在形成一段信号肽之后会通过线粒体膜表面受体来识别,这时会发生蛋白质的穿膜（就是说,跨膜合成,一段在里面 ,一段在外面）.信号肽被切除.如果信号肽之后还有一段线粒体内膜上的信号肽,就会继续转运到线粒体内膜上.
膜蛋白运输,是通过膜的流动性,形成小泡运输.一般而言,跨膜蛋白在内质网上合成,一旦合成好蛋白质就嵌在内质网膜上了,经过加工成熟之后会通过小泡分泌到其所在位置（如细胞膜表面）