解题思路：1、一条染色体含有多个基因，基因在染色体上呈线性排列．
2、基因突变是指基因中碱基对的增添、缺失或改变，基因突变不一定会引起生物性状的改变，原因有：
①若亲代DNA某碱基对发生改变而产生隐性基因，隐性基因传给子代，子代为杂合子，则隐性性状不会表现出来；
②不同密码子可以表达相同的氨基酸；
③性状是基因和环境共同作用的结果，有时基因改变，但性状不一定表现．
3、染色体变异包括染色体结构变异和染色体数目变异，这会导致基因的数目或排列顺序发生改变．
A、由图可知，基因在染色体上呈线性排列，A正确；
B、图示各基因位于同一条染色体上，它们之间不会发生自由组合，B正确；
C、如果含红宝石眼基因的片段缺失，则说明发生了染色体变异（缺失），C错误；
D、基因中一个碱基对的替换会导致基因突变，但由于密码子的简并性等原因，基因突变不一定会改变生物的性状，D正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因与性状的关系；基因突变的原因．
考点点评： 本题结合果蝇某一条染色体上的几个基因图解，考查基因与染色体的关系、基因结构、基因突变和染色体变异等知识，要求考生识记真核细胞中基因的结构，明确非编码序列不编码蛋白质；识记基因突变的概念，掌握基因突变与性状改变之间的关系；识记染色体变异的类型，能结合图中信息准确判断各选项．