一般情况下是的,因为只有这样才能有相同的黏性末端,目的基因和运载体才能重组.但也有两种不同的内切酶产生相同的黏性末端如G↓ATTCG 和↓ATTC.
还有一种可能是,因为运载体上的基因表达是由方向的（即启动子和终止子的位置）,而目的基因的两端末端相同,那么就有可能使目的基因反向接在运载体上,这就可以用双酶切解决,即目的基因和运载体都用相同的两种内切酶,这就可以使目的基因与运载体定向连接了,如：
－－↓－－－－－－↓－－（运载体）￣￣↓￣￣￣￣￣￣↓￣￣（目的基因）
酶1 酶2 酶1 酶2
很抱歉,我只能画出这样的图列,希望能看明白.