解题思路：1、动物细胞中生物大分子有机物一般有蛋白质、糖原、核酸．胃液中有胃蛋白酶，可将蛋白质水解为多肽，并且X含有化学元素N，有的还含有S，则X可能是蛋白质；由于糖原的元素组成只有C、H、O，核酸的元素组成是C、H、O、N、P，而该化合物含有化学元素N和P，则Y最可能是核酸，基本单位为核苷酸．
2、蛋白质是生命活动的承担者，蛋白质的结构多种多样，在细胞中承担的功能也多种多样，①是构成细胞和生物体的重要物质，②催化功能，③运输功能，④信息传递功能，⑤免疫功能等．
A、根据分析，X可能是蛋白质，A正确；
B、根据分析，Y可能是核酸，B正确；
C、由于X可能是蛋白质，蛋白质可以作为细胞膜上的载体，C正确；
D、核酸有两种，DNA主要分布在细胞核中，细胞质中的线粒体和叶绿体也有分布；RNA主要分布在细胞质中，在细胞核中也有RNA，所以Y不一定是DNA，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 蛋白质的结构和功能的综合；核酸的结构和功能的综合．
考点点评： 本题的解答时要正确的提取题干的信息“用胃液处理这两种物质，X被分解而Y不变”和“X含有化学元素N，有的还含有S，Y含有化学元素N和P”等信息，从而结合蛋白质和核酸的元素组成，进行正确的判断X和Y到底属于哪种物质，从而正确的解答试题，得出正确的答案．