解题思路：在自然条件下，生态系统正常发展方向是向提高抵抗力稳定性方向发展．物种组成多样和营养结构复杂及功能完善都能提高生态系统的抵抗力稳定性．
A、自然状态下，群落演替过程中物种取代是一种优势取代，而不是完全取代，则生态系统发展的过程中物种多样性提高，故A正确；
B、生态系统生物多样性高，营养结构复杂，生态系统的稳定性提高，故B正确；
C、生态系统的结构决定生态系统的功能，生态系统的功能包括物质循环、能量流动和信息传递，结构复杂使得功能完善，故C正确；
D、食物链缩短，说明生态系统中生物的种类减少，营养结构变得简单，抵抗力稳定性会下降，故D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 生态系统的稳定性；生态系统的结构．
考点点评： 考查学生对生态系统稳定性的理解，相对简单，容易理解．属于基础题．