解题思路：本题是对基因频率的计算方法和生物进化的实质的考查，先根据题干信息计算该种群的基因频率，比较两种情况下的基因频率是否发生了改变，判断生物是否发生了进化．
由题可知：该种群的初始状态豌豆的基因型全部为Aa，因此该种群的基因频率为：A=a=50%，经过n代自交后，Aa=（[1/2]）n，AA=aa=（[1/2]）[1-（[1/2] ）n]；因此自交n代后，A的基因频率与a的基因频率相等，即为：A=a=（[1/2]）[1-（[1/2]）n]+[1/2]×（[1/2]）n=50%，由此可以看出，种群在这些年中种群的基因频率并没有改变．
①由题意可知，该种群没有地理隔离，基因频率没有变化，也没有生殖隔离，①错误；
②该过程没有出现新基因，所以没有发生基因突变，②错误；
③由于这些年中种群的基因频率并没有改变，因此没有发生自然选择，③错误；
④隐性性状所占比例=（[1/2]）[1-（[1/2]）n]，随着自交代数n不断增加，所占比例不断增加，④正确；
⑤由题意可知，种群的基因型频率发生了变化，⑤正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 现代生物进化理论的主要内容；基因频率的变化．
考点点评： 本题的知识点是种群基因频率的计算方法，自然选择对基因频率变化的影响，生物进化的实质，隔离的概念，对于现代生物进化理论内容的理解和应用是解题的关键．