解题思路：同源染色体是指减数分裂过程中两两配对的染色体，它们形态、大小一般相同，一条来自父方，一条来自母方．减数第一次分裂后期，同源染色体分离，所以次级性母细胞及减数分裂产生的配子不含同源染色体，其他细胞均会同源染色体．
①体细胞中虽然未发生联会等现象，但是存在同源染色体，①正确；
②初级精母细胞会发生同源染色体的配对和分离现象，存在同源染色体，②正确；
③减数第一次分裂后期，同源染色体分离，所以次级卵母细胞不含同源染色，③错误；
④精子是经过减数分裂产生生殖细胞，细胞中不存在同源染色体，④错误；
⑤精原细胞中染色体组成等同于体细胞，因此具有同源染色体，⑤正确；
⑥精子和卵细胞通过受精作用形成受精卵，此时两个细胞的染色体集合到一个细胞中，因此具有同源染色体，⑥正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 细胞的减数分裂；同源染色体与非同源染色体的区别与联系．
考点点评： 本题考查同源染色体、有丝分裂和减数分裂的相关知识，首先要求考生识记同源染色体的概念，明确同源染色体的来源；其次还要求考生掌握减数分裂过程特点，明确减数第一次分裂后期同源染色体分离，导致次级性母细胞和配子中不含同源染色体，再作出判断．