解题思路：转基因生物的安全性问题：食物安全（滞后效应、过敏源、营养成分改变）、生物安全（对生物多样性的影响）、环境安全（对生态系统稳定性的影响）．抗虫棉的种植，减少了农药的使用，有利于保护农田的土壤环境；但是抗虫棉不抗蚜虫、盲椿象、红蜘蛛等害虫，导致这些害虫大面积的爆发，破坏了自然界的生态平衡，对环境造成了负面影响；另外棉铃虫对抗性频率越来越大．重组的微生物在降解污染物的过程中可能产生一些中间产物，产生二次污染．
A、种植转基因抗虫作物，可以减少农药的使用量是转基因生物的优点，A错误；
B、种植抗除草剂农作物可以保护农田土壤环境是转基因生物的优点，B错误；
C、转基因生物不会改变生物原有的分类地位，充其量只能说明它具有某种新特征的同一物种，不会破坏生态系统的稳定性，该观点与转基因生物对生态系统的稳定性造成破坏相反．C正确；
D、重组的微生物在降解某些化合物的过程中所产生的中间产物，可能会造成第二次污染与题干要求不符，D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 转基因生物的安全性问题
考点点评： 本题考查转基因生物的安全性问题，要求考生识记转基因生物安全性问题，了解人们在食物安全、生物安全和环境安全三个方面进行的争论，明确面对转基因技术的利弊，正确的做法应该是趋利避害，不能因噎废食，再结合所学的知识准确判断各选项．