解题思路：在细胞生命活动中主要是进行DNA复制，呼吸作用和蛋白质等一些物质的合成，不同物质合成和加工场所是不一样的，大多数酶是蛋白质，其合成场所是核糖体．
A、有氧呼吸的第一阶段在细胞质基质，是将葡萄糖分解为丙酮酸和[H]，第二、三阶段发生在线粒体中，将丙酮酸氧化分解成CO2和H2O，A错误；
B、真核细胞中DNA指导蛋白质合成过程为转录和翻译，在细胞核中转录形成mRNA，通过核孔mRNA进入细胞质中进行翻译，B正确；
C、大多数酶是蛋白质，溶酶体中的酶属于蛋白质，是通过在核糖体中合成，运输到溶酶体中，C错误；
D、肽链的合成场所是核糖体，肽链加工场所是内质网和高尔基体，D错误．
故选：B
点评：
本题考点： 线粒体、叶绿体的结构和功能；细胞器中其他器官的主要功能；细胞核的结构和功能．
考点点评： 此题考查学生对于细胞生命活动中，一些生理过程发生场所和相关细胞器功能的理解和记忆．