解题思路：（1）对生物进行基因测序，要每对常染色体取一条，性染色体取一对，对果蝇基因组进行测定的是3号、6号、7号、1号、2号；DNA复制出现差错，但是仍合成了正常的蛋白质原因有二①错误碱基在基因上，由于密码子的简并性，转录的密码子仍编码同一种氨基酸，②错误碱基在DNA的非基因片段；
（2）细胞质遗传的特点是母系遗传，原因是受精卵的细胞质基因几乎全部来自于卵细胞；研究精子中的线粒体是否进入了卵细胞方法是：同位素标记法（示踪法）或用健那绿使精子中线粒体染成蓝绿色（活性）高倍显微镜观察其分布；
（3）事实上，科学家用这只卷刚毛雄果蝇与直刚毛雌果蝇杂交，得到的结果是：F1全部为直刚毛．F1雌雄果蝇随机交配，F2的表现型及比例是直刚毛雌果蝇：直刚毛雄果蝇：卷刚毛雄果蝇=2：1：1．F2的表现型卷刚毛的都是雄蝇，可见卷刚毛是X染色体上的隐性基因控制的，
（4）验证上述的假说，可以用测交方法；取卷刚毛雌果蝇与直刚毛雄果蝇杂交，如果后代雌果蝇全为直刚毛，雄果蝇全为卷刚毛，则假说成立．
（1）对果蝇基因组进行测定的是3号、6号、7号、1号、2号，共5条．
DNA复制出现差错，但是仍合成了正常的蛋白质原因有二：①错误碱基在基因上，由于密码子的简并性，转录的密码子仍编码同一种氨基酸，②错误碱基在DNA的非基因片段．
（2）线粒体中的基因属于细胞质基因，细胞质遗传的特点是母系遗传，原因是受精卵的细胞质基因几乎全部来自于卵细胞；研究精子中的线粒体是否进入了卵细胞方法是：同位素标记法（示踪法）或用健那绿使精子中线粒体染成蓝绿色（活性）高倍显微镜观察其分布．
（3）个自然繁殖的直刚毛果蝇种群中，偶然出现了一只卷刚毛雄果蝇，刚毛雄果蝇与直刚毛雌果蝇杂交，得到的结果是：F1全部为直刚毛．F1雌雄果蝇随机交配，F2的表现型及比例是直刚毛雌果蝇：直刚毛雄果蝇：卷刚毛雄果蝇=2：1：1．F2的表现型卷刚毛的都是雄蝇，可见卷刚毛是X染色体上的隐性基因控制的．
（4）验证上述的假说，可以用测交方法；取卷刚毛雌果蝇与直刚毛雄果蝇杂交，如果后代雌果蝇全为直刚毛，雄果蝇全为卷刚毛，则假说成立．
故答案为：
（1）5条
①错误碱基在DNA的非基因片段
②错误碱基在基因上，但转录的密码子仍编码同一种氨基酸（因为几个密码子可能编码同一种氨基酸）
（2）母系遗传（只通过母亲遗传给后代）受精卵的细胞质基因几乎全部来自于卵细胞 同位素标记法（示踪法）或用健那绿使精子线粒体染成蓝绿色（活性）高倍显微镜观察其分布．
（3）亲代生殖细胞中X染色体上的基因发生隐性突变
点评：
本题考点： 基因突变的特征；伴性遗传在实践中的应用．
考点点评： 本题考查了基因突变有关的知识，意在考察考生的理解能力和把握所学知识要点的能力．属于中等难度．