解题思路：生态农业是一个农业生态经济复合系统，将农业生态系统同农业经济系统综合统一起来，以取得最大的生态经济整体效益．它也是农、林、牧、副、渔各业综合起来的大农业，又是农业生产、加工、销售综合起来，适应市场经济发展的现代农业．生态工程的基本原理有物质循环再生原理、物种多样性原理、协调与平衡原理、整体性原理和系统学和工程学原理．建立该人工生态系统的目的是实现对能量的多级利用，提高能量的利用率，减少环境污染．
A、流人该生态系统的总能量是该生态系统中植物所固定的全部的太阳能，A错误；
B、该生态系统利用了物质循环再生原理，实现了农业生产的可持续发展，B正确；
C、该生态系统采用分布式结构，提高了系统的可靠性，C正确；
D、该生态系统充分利用了废弃物中的能量，实现了能量的多级利用，D正确．
故选：A．
点评：
本题考点： 生态农业工程．
考点点评： 本题主要考查学生的分析和理解能力．要注意：（1）生态工程实例的模式各具特色，关键是理解其中运用的主要生态工程原理．（2）进行生态工程建设时，应该积极利用自然生态系统强大的自我恢复力，节省投资．（3）生态工程的恢复作用是有限的，不能误认为只要有生态工程就可以走发达国家“先污染、破坏，后治理”的老路．