咳,是这样,原核生物没有内含子,不会有扩增上面的影响,比如引物结合的位置不对引起的后续这种.这个问题其实没那么复杂,假定这个基因序列是ABC,如果设计了A的引物,扩增出来的产物就主要是含有ABC的大片段；如果是设计B的引物,就有BC的片段；如果是C的引物,就只是C的片段,在大小上就能分离出来.你用marker估算一下三种片段的大小,M（abc）-M（bc）=M（a）,同样的M（bc）-M（c）=M（b）,你再与自己已知的大小对照一下.
分子生物学试题：已知原核生物的A、B、C三个基因的序列,设计实验证明这三个基因在同一个操纵子上,