(1)根据题意,运A种苹果x车,B种苹果y车,C种苹果(20-x-y)车,并且有2.2x+2.1y+2(20-x-y)=42,
整理得y=-2x+20.
又∵运A种苹果x辆车,B种苹果(-2x+20)辆车,
∴运C种苹果的车是20-x-(-2x+20)=x(辆).
由题意可知
解得2≤x≤9.
∵x是整数,
∴x的取值为2,3,4,5,6,7,8,9.
(2)由题意可知：W=6×2.2x+8×2.1(-2x+20)+5×2x,
即W=336-10.4x(W是x的一次函数).
∵k=-10.4＜0,
∴W是减函数,
∴x=2时,W的值最大,此时W=336-10.4×2=315.2(百元),
即最大利润为315.2百元,安排车辆的方案如下:装运A种苹果2车,B种苹果16车,C种苹果2车