解题思路：光反应的场所是类囊体薄膜，在类囊体薄膜上分布着色素，色素的作用是吸收光能和转化光能．暗反应发生的场所是叶绿体基质．不论光反应还是暗反应都需要酶的催化作用．
A、与光合作用有关的酶分布在叶绿体基质和类囊体薄膜上，A错误；
B、叶绿体的色素只分布在类囊体薄膜上，B错误；
C、叶绿体的类囊体薄膜上只发生光反应，C错误；
D、暗反应发生的场所是叶绿体基质，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 光反应、暗反应过程的能量变化和物质变化．
考点点评： 本题综合考查光合作用具体过程的过程．解题的关键是掌握光合作用的过程，掌握光合作用的过程的要点是结合光合作用的图解写出每个阶段的反应方程式以及明确每一个阶段的场所和所需要的物质记忆反应的条件．