1.最大的困难是原核系统没有真核系统特有的翻译后修饰机制,例如糖基化,磷酸化,等等.有时这种修饰对蛋白的活性或者结构非常重要.此时就只有换真核系统了.
2.此外大肠杆菌表达系统由于采用强启动子,以及一些优化的表达条件,容易造成蛋白折叠不正确,以及包涵体的形成.某些情况下可以通过摸索表达条件或者换载体换菌株等手段得以改善.
3.还有就是大肠杆菌和动物的密码子偏好性不同,不过这个已经可以通过特殊的表达菌株得到解决.
4.楼上提到的没有内含子.不错,但不是一个问题.拿来做大肠杆菌基因工程的一般常规就是通过反转录PCR得到的基因或者其片段.这是个常规操作.