海上龙卷风是云层中雷暴的产物.具体的说,龙卷风就是雷暴巨大能量中的一小部分在很小的区域内集中释放的一种形式.龙卷风的形成可以分为四个阶段：
（1）大气的不稳定性产生强烈的上升气流,由于急流中的最大过境气流的影响,它被进一步加强.
（2）由于与在垂直方向上速度和方向均有切变的风相互作用,上升气流在对流层的中部开始旋转,形成中尺度气旋.
（3）随着中尺度气旋向地面发展和向上伸展,它本身变细并增强.同时,一个小面积的增强辅合,即初生的龙卷在气旋内部形成,产生气旋的同样过程,就形了成龙卷核心.
（4）龙卷核心中的旋转与气旋中的不同,它的强度足以使龙卷一直伸展到海面.当发展的涡旋到达海平面高度时,海平面气压急剧下降,海平面风速便急剧上升,形成海上龙卷风.
由海上龙卷风卷起的海水降落,只是海水移位的问题,所有降下的水是咸的.