琼脂由琼脂糖（Agarose）和琼脂果（Agaropectin）两部分组成,作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯（盐）的非离子型多糖,是形成凝胶的组分,其大分子链链节在1,3苷键交替地相连的β-D-吡喃半乳糖残基和3,6-α-L-吡喃半乳糖残基.而琼脂果胶是非凝胶部分,是带有硫酸酯（盐）、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的复杂多糖,也是商业提取中力图去掉的部分.商品琼脂一般带有2%―7%的硫酸酯（盐）,0%―3%的丙酮酸醛及1%―3%的甲乙基.在工业上的琼脂
色泽由白到微黄,具有胶质感,无气味或有轻微的特征性气味,琼脂不溶于冷水,易溶于沸水,缓溶于热水.