我估计这个 "high confidence" 并不是修饰 genes 或 protein-coding,而是修饰某种方法,亦即某种得出这个基因序列或蛋白质编码的方法.
换言之,"the high confidence genes" 可能是指“以各种方法取得的基因中,可信度较高的一组”.
同样,"high-confidence protein-coding loci" 也可能是指“以各种方法取得的蛋白质编码基因位点中,可信度较高的一个”.
以上纯粹个人推断（猜测）,请楼主小心衡量是否可信.
希望真懂的高人肯出手.