解题思路：子代个体发育的最初分段，即种子的形成（胚和胚乳的发育）阶段完成于母本体内，相当于母本豌豆的“怀孕”阶段；胚（胚芽、胚轴、胚根和子叶）是该母本豌豆的“孩子”，其基因来自于父本和母本双方；种皮、果皮等则是母本为了保护自己的“孩子”特意经发育成的结构，其基因仅来自母本一方．
Fn代种子结在Fn-1代的植株上，Fn代种子的种皮性状是由Fn-1代种子的基因型决定．
已知豌豆的种皮灰色（G）对白色（g）为显性，子叶黄色（Y）对绿色（y）为显性，若基因型为GgYy的个体自花传粉，则种皮的颜色由母本决定，即种皮的基因型是Gg，全部表现为灰色；而子叶的颜色属于子代性状，由Yy的个体自花传粉的后代基因型决定，Yy自交后代的基因型及比例是YY：Yy：yy=1：2：1，所以子叶的颜色是黄色：绿色=3：1．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题难度较大，属于考纲中理解、应用层次的要求，着重考查基因分离定律的应用与种子子叶、种皮的性状及自交的相关知识，解题关键是确定种皮表现出的是亲本的性状，而子叶是子代的性状．