酶的习惯命名根据两个原则：
1.根据酶所催化的底物：如水解淀粉的酶称为淀粉酶,水解蛋白质的称为蛋白酶；有时还加上来源,以区别不同来源的同一类酶,如胃蛋白酶、胰蛋白酶等等.
2.根据酶所催化的反应类型：催化底物分子水解的称为水解酶,催化还原反应的称为还原酶.
也有根据上述两项原则综合命名或加上酶的其它特点,如琥珀酸脱氢酶、碱性磷酸酶等等.
因此RNA酶是指作用底物为RNA的酶,例如RNA聚合酶.
核酶一词用于描述具有催化活性的RNA,即化学本质是核糖核酸(RNA),却具有酶的催化功能.核酶的作用底物可以是不同的分子,有些作用底物就是同一RNA分子中的某些部位.核酶的功能很多,有的能够切割RNA,有的能够切割DNA,有些还具有RNA 连接酶、磷酸酶等活性.
与蛋白质酶相比,核酶的催化效率较低,是一种较为原始的催化酶.
水解RNA,DNA的可以称为核酸水解酶,简称核酸酶.