原核生物mRNA的特点为:1>半衰期短.原核生物中,mRNA的转录和翻译是在同一个细胞空间里同步进行的,蛋白质合成往往在mRNA刚开始转录时就被引发了.2>许多以多顺反子的形式存在.原核细胞的mRNA(包括病毒)有时可以同时编码几个多肽.3>原核生物mRNA的5’端无帽子结构,3’端没有或只有较短的多聚A结构,原核生物起始密码子AUG上游有一被称为Ribosome Binding Site (RBS)或SD序列（Shine –Dalgarno sequence）的保守区,因为该序列与16S-rRNA 3’端反向互补,所以被认为在核糖体-mRNA的结合过程中起作用4>原核生物常以AUG（有时GUG,甚至UUG）作为起始密码子;
真核生物mRNA的特点为：1>真核细胞mRNA的合成和功能表达发生在不同的空间和时间范畴内.mRNA以较大分子量的前体RNA出现在核内,只有成熟的、相对分子质量明显变小并经化学修饰的mRNA才能进入细胞质,参与蛋白质的合成.2>以单顺反子形式存在 .3>真核生物mRNA的5’端存在帽子结构,除组蛋白基因外,真核生物mRNA的3’端具有多聚A结构,真核生物的mRNA中,由DNA转录生成的原始转录产物-----前体mRNA,要经过5’加“帽”和3’酶切加多聚腺苷酸,再经过RNA的剪接,编码蛋白质的外显子部分就连接成为一个连续的可译框,通过核孔进入细胞质,作为蛋白质合成的模板.真核生物的mRNA还可以通过RNA编辑在初级转录物上增加、删除或取代某些核苷酸而改变遗传信.4＞真核生物几乎永远以AUG作为起始密码子.