e made of sth 由什么制作的,制作的原料可以看得出来,仅是物理变化.如The desk is made of wood.
be made with sth 指“制作中用了什么东西”.如：
This bottle of grape soda water is made with real grape juice.这瓶葡萄汽水含有真正葡萄汁.（即这瓶葡萄汽水不是纯由天然果汁制作成的）
be made with 还可用于抽象意义.
另外还有 be made from sth. 制作的原料已经看不出来,发生化学变化了,如Paper is made from wood.