解题思路：酶工程又可以说是蛋白质工程学，利用传统突变技术或是分子生物学技术，将蛋白质上的氨基酸进行突变，已改变蛋白质之化学性质和功能．蛋白质工程和酶工程是继基因工程之后发展起来的生物学技术，它们是基因工程的一个重要组成部分，或者说是新一代的基因工程．
A、酶工程产品是蛋白质，易被降解，所以相对安全且应用广，基因工程产品安全性稍弱且可能影响生态环境，故A正确；
B、酶工程合成的蛋白质可以是天然的，也可以是改造过的非天然蛋白质，基因工程合成的是天然存在的蛋白质，故B错误；
C、基因工程是分子水平操作，酶工程是酶及酶系水平上的操作，故C错误；
D、酶工程中可通过层析提纯酶蛋白，基因工程中通过体外DNA重组和转基因等技术，赋予生物以心得遗传特性，从而创造出更符合人们要求的新的生物类型和生物产品，故D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 蛋白质工程．
考点点评： 本题考查酶工程和基因工程的相关知识，意在考查考生的识记能力和理解所学知识要点，把握知识间内在联系的能力；能运用所学知识与观点，通过比较、分析与综合等方法对某些生物学问题进行解释、推理，做出合理的判断或得出正确的结论．