A、力很大，位移也很大，但如果F与S垂直，则W=0，即做功不一定很大，故A错误；
B、相互作用的两个物体不一定都有位移，故作用力和反作用力不一定同时都做功，例如用黑板擦擦黑板，摩擦力对黑板擦做负功，由于黑板没有发生位移，摩擦力对黑板没有做功，所以它们的总W可能不等于零，故B错误；
C、静摩擦力可以对物体做正功也可以做负功，比如手握杯子上下移动；滑动摩擦力可以对物体做正功也可以做负功，比如由静止放在传送带上做加速运动的物体，物体动能增加，滑动摩擦力做正功，故C错误；
D、重力势能与参考面的选择有关，重力势能的变化量与参考面的选择无关，D正确；
故选：D．