解题思路：科学探究的过程一般包括提出问题、作出假设、制定计划、实施计划、得出结论、表达和交流．
（1）通过阅读题干可知，产生的疑问是：水的温度会影响金鱼的呼吸频率吗？这是探究实验的提出问题．
（2）对照实验是指在研究一种条件对研究对象的影响时，所进行的除了这种条件不同之外，其他条件都相同的实验．其中不同的条件就是实验变量．对照实验的设计原则是：一组对照实验中只能有一个变量，且只能以所研究的条件为变量，其它条件应相同．在“探究温度会影响金鱼的呼吸频率”时，实验的变量是水温的不同．因此实验组和对照组除水温不同外，其他条件应相同且适宜．实验时，为了排除由偶然性因素引起的误差，常需要设置重复组，求其平均值．
故答案为：（1）水的温度会影响金鱼的呼吸频率吗？
（2）水温；相同；对照．
点评：
本题考点： 科学探究的基本环节．
考点点评： 设置对照实验目的在于消除无关变量对实验对象的影响．增加可信度和说服力，探究实验一定要设置对照组．