解题思路：现代达尔文主义认为：种群是生物的基本单位，突变是自然选择、隔离是新物种形成的基本环节，其中新物种形成的必要条件是生殖隔离．
A、新物种的形成一定要经过生殖隔离，A错误；
B、现代达尔文主义从分子水平上解释了生物进化的实质是种群基因频率的改变，B错误；
C、生物进化的方向是由自然选择决定的，而不是由基因突变产生的有利变异所决定的，C错误；
D、通过自然选择，具有不利变异的个体被淘汰，具有有利变异的个体被保存下来，使基因频率发生定向改变，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 达尔文和自然选择学说．
考点点评： 此题考查了现代达尔文主义，高中知识，对初中学生来说较难．