解题思路：分析每一对性状，在F2代都符合3：1，因此控制抗病和易感病的等位基因都符合基因分离定律．但分析两对等位基因之间关系，即不符9：3：3：1，也不属于它的变形，因此它们不遵循基因自由组合定律．因此最可能原因是两对基因位于一对同源染色体上，在减数分裂时发生四分体的交叉互换造成的．
Ⅰ．（1）a和b是隐性基因，a控制朱砂眼，且bb个体的朱砂色素合成受到抑制，所以朱砂眼果蝇的基因型包括aaBB、aaBb．（2）用双杂合体雄蝇K（AaBb）与双隐性纯合体雌蝇（aabb）进行测交实验，因为aa个体的褐色素合成受到抑制，bb个体的朱砂色素合成受到抑制，所以母体果蝇复眼为白色．它们子代的表现型及比例为暗红眼（AaBb）：白眼（aabb）=1：1，由此可见，A和B基因的遗传表现为连锁遗传，说明父本的A、B基因在同一条2号染色体上．
在近千次的重复实验中，有6次实验的子代全部为暗红眼，但反交却无此现象．已知A和B来自父亲，后代全部为暗红眼，即均含有A和B基因，由此可见，这6次实验中缺少ab精子，原因可能是父本的一部分次级精母细胞未能正常完成分裂，无法产生携带有a、b基因的精子．
（3）为检验上述推测，可用显微镜观察切片，统计次级精母细胞与精细胞的比例，并比较K与只产生一种眼色后代的雄蝇之间该比值的差异．（1）aaBb和aaBB
Ⅱ．在F2的表现型中，抗病：易感病=（66+9）：（9+16）=3：1；说明控制抗病和易感病的等位基因遵循基因的分离定律；由于F2的表现型及比例是高杆抗病：高杆易感病：矮杆抗病：矮杆易感病=66：9：9：16，不符9：3：3：1，也不属于它的变形，因此它们不遵循基因自由组合定律．
故答案为：
Ⅰ．（1）aaBb和aaBB
（2）A、B在同一条染色体上 父本 携带a、b基因的精子
（3）次级精母细胞或精细胞 K与产生一种眼色后代的雄蝇（或K与6次实验中的父本）
Ⅱ．遵循 不遵循
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用．
考点点评： 本题考查基因分离定律和基因连锁交换定律的相关知识，意在考查学生对孟德尔定律的理解能力，同时考查学生对生物学数据的分析抽象能力及设计实验的能力．意在考查运用所学知识综合分析问题的能力，有一定难度．