解题思路：A、分子和原子都很小，但是有的原子比一定比分子小；
B、分子和原子都可以构成物质，分子也能构成单质；
C、离子可以直接构成物质；
D、在化学变化中，分子可分而原子不可分．
A、分子和原子都很小，但是有的原子比一定比分子小，故A错误；
B、分子和原子都可以构成物质，分子也能构成单质，例如氧气是由氧分子构成的，故B错误；
C、离子可以直接构成物质，例如氯化钠就是由离子构成的，故C错误；
D、在化学变化中，分子可分而原子不可分，故D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 分子、原子、离子、元素与物质之间的关系；分子和原子的区别和联系．
考点点评： 通过回答本题知道了分子的特点，决定元素种类的微粒，构成物质的基本微粒，和化学反应的过程．