解题思路：1、组成蛋白质的氨基酸至少含有一个氨基和一个羧基，且都有一个氨基和一个羧基连接在同一个碳原子上；
2、氨基酸脱水缩合反应过程中形成的肽键数=氨基酸的数目-肽链数，一条肽链至少含有一个游离的氨基和一个游离的羧基．
由题意知，100个氨基酸中，含有100个氨基和107个羧基，因此氨基酸中R基中的氨基是2个、羧基是7个，如果由这100个氨基酸形成2条肽链，形成的肽键数=100-2=98个，游离的氨基数是2+2=4个，羧基数=2+7=9个．
故选：A．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 对于组成蛋白质的氨基酸的结构特点和氨基酸脱水缩合反应过程的理解，把握至少的内在联系是解题的关键．