解题思路：科学探究过程大致包括以下六个环节：提出问题→作出假设→制定计划→实施计划→得出结论→表达交流．
能够提出有研究价值的问题，并作出符合科学事实的假设，是探究成功的前提，制定出恰当的科学探究计划，是探究成功的关键．探究计划包括方法和步骤，以及所需要的材料、用具等．可供生物学探究采用的方法很多，如观察法、实验法、测量法、调查法等．最重要的还是实验法．
（1）对照实验的基本要求是唯一变量：在本实验中，我们要保持除水温以外的其他条件一样．
（2）根据金鱼的鳃盖交替张开与闭合的次数或金鱼张口吞水与吐水的次数来测定金鱼的呼吸次数．
（3）设置了两个重复组，其目的是避免实验的偶然性，由于烧杯①②由于加入热水增加了变量，导致变量不唯一，因此烧杯③④组更严谨．
故答案为：
（1）水温；
（2）根据金鱼的鳃盖交替张开与闭合的次数（或金鱼张口吞水与吐水的次数）；
（3）避免实验的偶然性；烧杯③④组；烧杯①②由于加入热水增加了变量，导致变量不唯一（或③④变量不唯一．只要意思对即可）．
点评：
本题考点： 科学探究的基本环节．
考点点评： 对照实验要注意唯一变量，这是探究实验经常考查的问题．