A、分子、原子都在不断的运动; 正确;
B、有的物质是由分子构成的,有的物质是由原子直接构成,例如金属单质、稀有气体; 正确;
C、原子是化学变化中的最小粒子,但原子是由质子、中子和电子构成;不正确;
D、水分子保持水的化学性质;正确.
故选C