解题思路：基因通过中心法则控制性状，包括两种方式：
（1）通过控制酶的合成控制代谢过程，间接控制生物体的性状；
（2）可通过控制蛋白质的结构直接控制生物的性状．
A、牛和羊体内的氨基酸种类相同，A错误；
B、牛和羊吃相同的草料，但合成的自身物质不同，其根本原因是遗传物质携带的信息不同，B正确；
C、牛和羊的个体大小不同，消化能力也不同，但这不是根本原因，C错误；
D、牛和羊体内的核酸的基本单位相同，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因、蛋白质与性状的关系．
考点点评： 本题考查基因、蛋白质和性状之间的关系，要求考生识记基因、蛋白质和性状之间的关系，明确不同生物体性状不同的根本原因是遗传物质不同，再根据题干要求作出准确的判断．