解题思路：保护生态系统的多样性是保护生物多样性的根本措施．最有效的措施是建立自然保护区．
保护生物多样性首先要保护生物的栖息环境，生物的栖息环境是生物赖以生存的基础，保护了生物的栖息环境，即保护了环境中的生物，环境与生物是一个统一的整体，二者构成生态系统，因此保护生物的栖息环境，就是保护生态系统的多样性．保护生物的栖息环境，保护生态系统的多样性是保护生物多样性的根本措施．最有效的措施是建立自然保护区．
故选：A．
点评：
本题考点： 保护生物多样性的基本措施．
考点点评： 解答此类题目的关键是理解掌握保护生物多样性的措施．