解题思路：根据已有的知识进行分析，分子和原子都是不带电的微粒；质子数相同的微粒电子数不一定相同；根据分子在物理变化和化学变化中的变化进行分析；物质的化学性质由其构成微粒保持，据此解答．
A、分子和原子都是不带电的微粒，故A正确；
B、质子数相同的微粒电子数不一定相同，例如钠原子和钠离子，故B错误；
C、物理变化中分子种类不变，改变的只是分子间的间隔和排列方式，化学变化中分子种类改变，分成了原子，原子重新组合成了新物质的分子，故C正确；
D、水是由水分子构成的，保持水的化学性质的最小粒子是水分子；
故填：AC，水分子．
点评：
本题考点： 分子的定义与分子的特性；原子的定义与构成．
考点点评： 本题考查了物质微观构成的知识，完成此题，可以依据已有的知识进行．