解题思路：依据轴对称图形的概念、特征及对称轴的条数即可做出正确判断．
（1）因为轴对称图形是针对平面图形说的，所以“正方体有两条对称轴”是错误的；
（2）如果长方体的宽和高相等，则在这个长方体的6个面中，宽和高所在的两个面就是正方形，所以“长方体的各个面一定是长方形”是错误的；
（3）因为1的因数只有它自己，所以“任何一个非零自然数的因数至少有两个”是错误的；
（4）棱长为6厘米的正方体，它的表面积与它的体积数值一样大，但是表面积单位与体积单位不一样，所以表面积和体积不能比较大小，所以说“棱长为6厘米的正方体，它的表面积与它的体积一样大”是错误的；
（5）质数是除了1和它本身不再有其它因数的数，而合数是除了1和它本身还有其它因数的数，所以该题是正确的；
（6）因为1的因数只有它自己，所以在自然数中，1既不是质数，也不是合数，是正确的．
故答案为：错误、错误、错误、错误、正确、正确．
点评：
本题考点： 确定轴对称图形的对称轴条数及位置；找一个数的因数的方法；合数与质数；长方体的特征；长方体和正方体的表面积；长方体和正方体的体积．
考点点评： 此题主要考查轴对称图形、质数、合数的意义及长方体的特征．