第三阶段：在线粒体的内膜上,前两阶段脱下的共24个[H]与从外界吸收或叶绿体光合作用产生的6个O2结合成水；在此过程中释放大量的能量,其中一部分能量用于合成ATP,产生大量的能量.这一阶段需要氧的参与,是在线粒体内膜上进行的.反应式：24[H]+6O2酶→12H2O+大量能量
[H]是一种十分简化的表示方式.这一过程中实际上是氧化型辅酶Ⅰ（NAD+）转化成还原性辅酶Ⅰ（NADH）.
有氧呼吸主要在线粒体内,而无氧呼吸主要在细胞基质内.
有氧呼吸需要分子氧参加,而无氧呼吸不需要分子氧参加
有氧呼吸分解产物是二氧化碳和水,无氧呼吸分解产物是:酒精或者乳酸
有氧呼吸释放能量较多,无氧呼吸释放能量较少.
第三阶段 24[H]+6O2酶→线粒体内膜=12H2O+能量（34ATP）
就是产生水和能量