解题思路：在细胞质基质中，进行多种化学反应．细胞质基质是活细胞进行新陈代谢的主要场所，如细胞呼吸作用的第一阶段及无氧呼吸的第二阶段．
A、细胞呼吸中CO2的生成在线粒体基质，A错误；
B、ATP的合成可在细胞质基质，如细胞呼吸作用的第一阶段，B正确；
C、mRNA的合成位于细胞核，C错误；
D、DNA的复制位于细胞核或线粒体，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： ATP与ADP相互转化的过程；有氧呼吸的过程和意义；DNA分子的复制；遗传信息的转录和翻译．
考点点评： 本题考查细胞呼吸及DNA复制、转录的场所，侧重对基础知识的考查，试题难度一般．