解题思路：阅读题干可知，本题的知识点是基因突变的概念和发生的时间、基因突变与性状改变之间的关系，染色体变异的概念和基因重组的概念，回忆相关知识点，然后分析选项进行解答．
A、由于密码子具有简并性，因此基因中个别碱基对的替换可能不影响蛋白质的结构和功能，A正确；
B、染色体上部分基因的缺失引起性状的改变，属于染色体结构变异，B错误；
C、有性生殖产生的后代出现差异主要是基因重组引起的，C错误；
D、DNA复制过程出现差错可能引起基因突变，转录过程出现差错不是基因突变，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因突变的特征．
考点点评： 本题主要考查学生理解所学知识要点，把握知识的内在联系，并应用相关知识进行比较、分析、综合对生物学问题进行解释、推理、判断、获取正确结论的能力．